Правилами судебников Иоанна III и Иоанна Грозного, новыми грамотами духовной и светской власти и особенно правилами Стоглава произведено более точное разграничение церковного и гражданского ведомств.

 Неподсудность духовных лиц и всех вообще церковных людей государственному, мирскому суду признана была общим правилом по всем делам, кроме уголовных, но и по этим делам первые действия суда над духовными лицами до снятия сана с виновного принадлежали духовным же властям. По искам на лиц духовного ведомства от людей посторонних и наоборот назначался суд совместный — из органов и духовного и светского суда вместе. 

Иски на самих духовных властей, архиерейских наместников и бояр разбирались самим государем или его боярами в приказе большого дворца. Но эти правила соблюдались не вполне. При древнем стремлении каждой корпорации людей к обособлению и вследствие тяжких поборов со стороны архиерейских чиновников, многие монастыри выпрашивали себе несудимые грамоты, на основании которых братия и монастырские крестьяне судились у настоятелей, а настоятели, помимо епархиальной власти, подчинялись прямо суду самого царя в приказе большого дворца. Несудимые грамоты изредка успевали выпрашивать и церковные причты. 

Грамоты эти производили большую путаницу в церковном суде, нарушали судную власть архиереев и подчиняли духовенство мирскому суду. Стоглав отменил их: но его распоряжение не вошло в практику. Замечательно, что митрополит и архиереи, по крайней мере со времени Стоглава, должны были принимать к себе на службу бояр и дворян, а равно и увольнять их с этой службы не иначе как только с соизволения государя; таким образом эти люди сделались теперь не столько церковными, сколько обыкновенными государевыми людьми, только служившими по церковному ведомству. Государство заявляло свое участие в церковных судах по гражданским делам и с другой стороны — вместе с поповскими старостами на них положено было сидеть еще земским старостам, целовальникам и земским дьякам как представителям светской власти.
Состояние белого духовенства.
Члены принтов по-прежнему ставились к церквам по выбору прихожан. В Стоглаве находим описание того, как в Новгороде улица, обыкновенно составлявшая особый приход, выбирала себе кандидата на церковное место и просила владыку о поставлении избранного, причем брала с последнего деньги за выбор, а кого владыка пошлет сам без приходского выбора, тому отказывала. Член клира был членом и своей приходской общины, и притом членом грамотным, что давало ему большой вес и участие в земских делах, в разных общинных актах, межевых исках, мирском суде, выборах, челобитьях пред властями и т. п. При всем том в XVI веке нельзя уже не замечать признаков скорого упадка выборного значения духовенства.

 Государство все более и более стесняло поставление в священный чин людей служилых и тяглых, так что ставленники были большей частью из лиц духовного же происхождения. Сама приходская община в своих выборах прежде всего обращала внимание на них же, потому что на их стороне была большая грамотность и привычка к церковной службе. Отсюда с течением времени постепенно формировалась наследственность церковного служения. Стоглав уже прямо говорит о наследии церковных мест после отцов детьми.