Св. Григорий не построил богословской системы; и вместе с тем по своему духовному типу он был более других отцов систематиком. Схема его богословских воззрений определилась под влиянием Оригена. Нельзя отрицать так же и прямого влияния неоплатонической проблематики. В своих творениях св. Григорий Нисский охватывает весь круг богословских тем. При этом нужно различать его творения, писанные по полемическим обстоятельствами времени, и те, в которых он положительно раскрывал привлекавшие лично его темы.
Как экзегет Григорий Нисский продолжил труды св. Василия, с другой стороны, — заново перерабатывал темы Оригеновской экзегетики. К первому разряду относятся два трактата, дополнительных к «Шестодневу», — об «устроении человека» и о «Шестодневе, слово защитительное брату Петру». 

Здесь св. Григорий держится библейского текста, не вдается в аллегорезу. Эти труды составлены вскоре после кончины св. Василия (379 г.). Вслед за Василием Великим св. Григорий опирается здесь (как и в других творениях) на философскую традицию, — он широко воспользовался комментариями к Платонову Тимею, — прежде всего Посидония. — Остальные экзегетические труды Григория относятся к более позднему времени и в них он является односторонним алллегористом. В них во всех есть и единая тема, — о богопознании и о нравственно-аскетическом пути человека. Всего важнее трактат «О жизни Моисея Законодателя», составленный под сильным влиянием Филона, и комментарий на книгу Песнь Песней, в котором он следует за Оригеном. Во введении к этому комментарию, посвященному Олимпиаде, Григорий защищает аллегорический метод.

 В Песне Песней он видит таинственное предизображение духовнаго брака души человеческой и Церкви с превожделенным Женихом небесным, — Христом. В «Точном истолковании Экклезиаста Соломонова» св. Григорий говорит об отрешении от чувственнаго и восхождении к сверхчувственному. В беседах «О надписании псалмов» он изображает ступени нравственного совершенствования. Особо он толкует псалом VI-ой. Повидимому, св. Григорий объяснял и книгу Притчей. Характерно, что для толкования он выбирает преимущественно ветхозаветные тексты. Из Новаго Завета он объяснял только Блаженства и Молитву Господню. 

В ряду его экзегетических произведений особое место занимает беседа «О чревовещательнице», — тема, которой касался и Ориген. Против Оригена Григорий вслед за Мефодием Олимпским и Евстафием Антиохийским защищает мысль, что Саулу являлся не дух Самуила, но демон. — Экзегетических тем св. Григорий касается и в своих догматико-полемических сочинениях.
Среди полемических произведений св. Григория прежде всего нужно назвать его книги Против Евномия, числом 12 (по другому счету 13), — это подробный разбор возражений Евномия на книги св. Василия, — сюда включен разбор позднейшего исповедания, представленнаго Евномием императору Феодосию в 383 г. Написаны эти «возражающия слова» в 380 и 381 гг. Разбирая аномейскую доктрину, Григорий вместе с тем раскрывает учение св. Василия о Троице. На ту же тему написано объяснительное послание «К Авлавию о том, Что не три Бога». — «Против Аполлинария» в последние годы своей жизни св. Григорий написал две книги, — в них он разбирает учение о небесной плоти Христа и учение об отсутствии во Христе человеческого ума. 

Это — наиболее подробный разбор аполлинаризма. Св. Григорий имеет в виду не только учение самого Аполлинария, но и вульгарный аполлинаризм, с ним уже не вполне совпадавший. Кратко о том же он говорит в послании Феофилу Александрийскому, — Против Аполлинария. — Нужно еще отметить «Слово о Духе Святом, против Македониан Духоборов». Приписываемое св. Григорию «Слово против Ария и Савелия» ему не принадлежит. М. б., — Василию Великому.
В положительной форме, хотя с учетом еретических соблазнов, св. Григорий изложил основные догматы в своем «Большом Катехизисе», составленном не позже 385 года. Он предназначен в руководство для огласителей. На основании Писания и доводов разума св. Григорий объясняет здесь учение о вере, о святой Троице, о воплощении, искуплении, о таинствах, — крещении, и Евхаристии, о последней судьбе. Положительный догматический характер имеет ряд небольших трактатов — О св. Троице, к Евстафию Севастийскому, — послание к Симпликию, «О вере», где изложено учение о Божестве Слова и Духа, — «К эллинам, — на основании общих понятий»… — Особого внимания заслуживает «Диалог о душе и воскресении», написанный под несомненным влиянием Платоновскаго «Федона». Беседа ведется от лица сестры Григория Макрины. 

Это одно из самых интимных произведений Григория. Одного частнаго вопроса на ту же тему Григорий касается в трактате «О младенцах преждевременно похищенных смертью». — Нужно назвать еще диалог «О роке», происходящий между епископом и язычником-философом, — защита свободы против теории астрологическаго фатализма.
Темам нравственным и аскетическим посвящен большой трактат «О девстве или о совершенстве», написанный в ранние годы, и ряд небольших рассуждений: К Гармонию о том, что значит имя и название христианина, О совершенстве и О том каким должно быть монаху, к Олимпию монаху, О цели жизни по Богу… Особенно ярко аскетический идеал выражен св. Григорием в его письме «О жизни Макрины», — написано вскоре после ее кончины, в 380 г.
Проповедей от св. Григория осталось немного. Среди них наиболее интересны слова в великие праздники, — на Рождество, Богоявление, Пасху, Пятидесятницу, слова поминальные, — о св. Стефане, о мученике Феодорите, о Сорока мучениках Севастийских, О Ефреме Сирине, особенно о Григории Чудотворце, — слова надгробные о св. Василии, о Мелетии Антиохийском… У св. Григория не было проповеднического дара. Его стиль грузен и искусственен. Он оживляется редко, когда Григорий касается своих интимных аскетических тем…
Наконец, нужно назвать письма, — числом . Большинство из них имеют личный и биографический интерес. Особо нужно отметить письмо II-ое — о путешествующих в Иерусалим. Сверх того нужно назвать каноническое послание к Литоию епископу Мелитийекому, содержащее 8 правил и включенное в Кормчую и в Книгу Правил. Примечательно, что правила покаянной дисциплины здесь обоснованы и объяснены психологически. 

Вероятно, св. Григорий опирается при этом на церковный обычай и на собственную пастырскую практику. Послание писано ко дню Пасхи, — «вселенский праздник создания», совершаемый ради воскрешения падшего — от греха.