Несмотря на то что временами отношения между светской и духовной властью обострялись, русская православная церковь всегда исправно выполняла свою главную функцию защиты интересов правящих классов и участвовала в подавлении всех сколько-нибудь крупных общественных движений, направленных против царизма.
В 1606 г. вспыхнуло крестьянское восстание под руководством беглого холопа Ивана Исаевича Болотникова.

Вождь восставших рассылал по городам воззвания, в которых призывал угнетенных выступить против господ. «Вы все, — писал Болотников в одном из своих воззваний, — боярские холопы, побивайте своих бояр, берите себе их жен и все достояние их — поместье и вотчины. Вы будете людьми знатными; и вы, которых называли шпынями и безродными, убивайте господ и торговых богатых людей, делите между собою их животы. Вы были последние — теперь получите боярства, окольничества, воеводства». Восстание приобрело широкий размах, Болотников объявил царя Василия Шуйского свергнутым с престола и двинулся на Москву. Перед лицом серьезной опасности правящий класс, забыв о недавних династических распрях, сплотился вокруг Василия Шуйского. Активную подрывную работу в стане восставших вело духовенство. 

С усмирительными проповедями туда отправился с целым сонмом священников Крутицкий митрополит Пафнутий. Ростовский митрополит Филарет, тверской епископ Феоктист в своих епархиях старались удержать паству от участия в восстании. В Казани митрополит Ефрем с крестом в одной руке и с мечом в другой благословлял царские войска и рубил головы участникам восстания. Для более глубокой обработки сознания верующих и насаждения враждебной настроенности к восставшим духовенство использовало различные «знамения», «пророчества», «видения».
Когда, наконец, разнеслась весть о поражении восставших, православная церковь в храмах три дня славила «богоданную» победу царя над «ворами» и «разбойниками», над «сволочью мерзостной», принявшей участие в восстании. Василий Шуйский пять дней молился в Троице-Сергиевской лавре. В завершение церковных торжеств был устроен «милостливый» суд над руководителями восстания. Одного из военных руководителей восстания, атамала Илейку, повесили на Серпуховской дороге, около Данилова монастыря, Болотникова и атамана Нагибу отправили в каргопольскую тюрьму, где им сначала выкололи глаза, а потом тайно утопили. Рядовых восставших сотнями бросали в реки. На устрашение простому народу православное духовенство торжественно пропело анафему «врагам креста Христова, разорителям православной веры, изменникам, еретикам, отступившим от бога живого, разбойникам и ворам, грабившим чужие имения».
Впоследствии русская православная церковь предала анафеме также народных героев Степана Разина и Емельяна Пугачева. Интересна характеристика К. Маркса отношения русской православной церкви к разгрому восстания Степана Разина: «Царь был вне себя от радости по этому поводу, и по его приказу агнец божий московский патриарх предал анафеме Стеньку (бунт его, конечно, был направлен и против попов!). И все попы торжественно провозгласили: «Анафему вору и богоотступнику и обругателю святой веры Стеньке Разину со всеми его единомышленниками»».
Когда в 1825 г. в Петербурге вспыхнуло восстание декабристов, митрополит Серафим с крестом в руках вышел уговаривать восставших солдат покориться «царю-батюшке». После того как по приказу Николая I декабристы были разогнаны, а руководители брошены в тюрьмы, православное духовенство всемерно помогало следствию, шпионя за арестованными. Так, например, священник Петр Мысловский под видом исповеди выпытывал у заключенных декабристов имена их сообщников, планы организации и исправно доносил обо всем самому царю. За эти услуги святейший синод наградил попа-провокатора чином протоиерея, царское правительство пожаловало ему орден Святой Анны, царская Академия наук удостоила его звания члена, академии. После подавления восстания декабристов святейший синод разослал по всем церквам «Благодарственное и молебное пение к господу богу, даровавшему свою помощь государю нашему императору Николаю Павловичу на ниспровержение крамолы, угрожавшей междоусобием и бедствиями государству всероссийскому». Даже в 1906 г., когда жители города Тобольска пожаловались синоду на отказ местного духовенства от служения панихиды по декабристам, тобольский архиепископ Антоний в ответ на запрос синода писал, что он запретил служение панихиды потому, что «декабристы были дерзкими бунтовщиками против своего законного и богопомазанного государя, а некоторые даже убийцами».
С особой враждебностью русская православная церковь отнеслась к революционному движению пролетариата. Так, например, еще накануне революции 1905–1907 гг. один из членов святейшего синода, епископ Антоний Храповицкий, выступил в Исаакиевском соборе в Петербурге с речью, в которой призывал верующих бороться с «крамолой», стать на защиту самодержавия, запугивал страшным судом. Во время октябрьской стачки 1905 г. созданный по инициативе столпов православия «Союз русского народа» выпустил постановление, которое призывало создавать по церковным приходам боевые дружины для борьбы с забастовщиками. Православные священнослужители даже сочинили еще один «чин» молебна — «о мире во время междоусобной брани и утолении и прекращении раздоров и настроений внутренних».
В своих печатных изданиях православное духовенство развернуло широкую кампанию против революционного пути преобразования действительности, доказывая несовместимость революции и христианского вероучения. В приложении к официальному органу православия «Церковным ведомостям» прямо утверждалось: «Ничто так не противно евангельскому учению, как мысль основать благоденствие свое и своего отечества на крамоле, мятеже и так называемой революции». Пытаясь отвлечь трудящиеся массы от участия в революционной борьбе, церковники запугивали их, горько сетуя на то, что революция якобы может вызвать пагубные последствия. Один из авторов, некто В. Верюжский, в том же официозе православия утверждал: «Дух революции повеял и смял старые воззрения, старые идеалы, извратил до неузнаваемости незлобливую, кроткую душу простолюдия». Революционно настроенные массы, стремящиеся ликвидировать эксплуататорский строй, никак не устраивали православное духовенство. Ему больше импонировали темные, забитые, покорные люди, беспрекословно несущие иго эксплуатации, безропотно смирявшиеся со своим угнетенным положением.
Православная церковь делала все, чтобы отвлечь трудящиеся массы от революционной борьбы, чтобы упрочить авторитет царской власти. Так, например, в № 47 «Прибавлений к церковным ведомостям» за 1907 г. в статье А. Волынца «Третья Государственная дума и духовенство» цитировались из свода законов Российской империи основные статьи (№ 4, 8, 9, 10, 59, 222), в которых обосновывалась власть императора «яко неограниченного самодержца». Автор напоминал депутатам 111 Государственной думы, что они должны исполнять свои обязанности, «храня верность его императорскому величеству государю императору и самодержцу всероссийскому».
Православному официозу, разумеется, было недостаточно одних только восхвалений царского самодержавия, он всячески осуждал революционеров, врагов царской власти. При этом в ход пускалась клевета, извращение подлинных намерений революционных сил, церковники пытались сыграть и на низменных чувствах и на нездоровых настроениях отсталых слоев трудящихся. Так, например, в ход пускался антисемитизм, который столетиями насаждался православной церковью в трудящихся массах. В цитированной уже нами выше статье А. Волынца из «Прибавлений к церковным ведомостям» делалась антисемитская попытка представить прогрессивную печать как «еврейско-революционные» газеты.
Таким образом, всей своей деятельностью в годы первой русской революции и в последующий период православная церковь способствовала удушению революционного движения.
Русская православная церковь выступала не только против народных восстаний и революционного движения пролетариата, она была яростным противником всего передового. Православное духовенство прекрасно понимало, что развитие просвещения и передовой культуры подрывало влияние религии на народ. Поэтому церковь являлась гонителем и душителем культуры. Православное духовенство приняло активное участие в преследованиях величайших русских поэтов А. С. Пушкина и М. Ю. Лермонтова, собиралось предать анафеме крупнейшего русского писателя Л. Н. Толстого. В Ленинграде, в Музее истории религии и атеизма, хранятся два интересных экспоната. Это фрагменты стенной росписи двух сельских церквей. Тема первого фрагмента — М. Ю. Лермонтов в аду, тема второго фрагмента — Л. Н. Толстой в «геенне огненной». Расписывая подобным образом стены храмов, православное духовенство пыталось наглядно показать верующим, какая судьба ожидает тех, кто всю жизнь боролся с царизмом и бот лее чем непочтительно относился к учению православной церкви. Эти «шедевры» иконописного искусства — убедительный документ отношения православной церкви к деятелям передовой русской культуры.
Очень хорошо характеризует «прогрессивность» православия история с изданием книги И. И. Мечникова «Этюды о природе человека». Гордость русской и мировой науки И. И. Мечников с 1888 г., по существу, оказался политическим эмигрантом. Передовому ученому, отрицательно относящемуся к самодержавному строю, не нашлось места ни в научных, ни в учебных заведениях России. Однако с мировым авторитетом И И. Мечникова приходилось считаться, и когда в 1903 г. его книга «Этюды о природе человека» вышла в Париже, царская цензура оказалась в очень трудном положении.
С одной стороны, царская цензура должна была препятствовать выходу «произведений словесности, наук и искусств», если «в оных содержится что-либо, клонящееся к поколебанию учения православной церкви». Православная церковь прекрасно осознавала свои привилегии и ревниво оберегала свои интересы. В книге же И. И. Мечникова было достаточно много мест, разрушающих основы вероучения православия: автор страстно выступал против веры в загробную жизнь, отрицал религиозную концепцию бессмертия души. К тому же эта критика основ религиозного вероучения принадлежала перу талантливого ученого и была великолепно аргументирована. С другой стороны, царская цензура вынуждена была считаться с авторитетом И. И. Мечникова, который был общепризнанным главой школы микробиологов и иммунологов. Сначала цензура препятствовала распространению французского издания книги И. И. Мечникова, потом кромсала текст русского издания. После долгих проволочек книга все же вышла на русском языке в очень изуродованном виде. Тогда на нее набросилась церковная печать, которая подчеркивала, что, «ограничиваясь механическим взглядом на жизнь, г. Мечников лишает ее (книгу — В. Т.)всякого смысла». А один из церковных авторов, принимая позу человека, который ничего не знает о цензурных вычеркиваниях, утверждал, что «о роли души в жизни человеческой природы у него мало речи», и даже делал неожиданный вывод, о том, что у И. И. Мечникова имеются «точки сближения науки с религией».