В царствование Траяна, по свидетельству Евсевия кесарийского, почили мученическою смертью епископы Игнатий антиохийский и Симеон иерусалимский, и по преданию, не подтверждаемому Евсевием и более древними авторами, сверх того, Климент римский.
В определении времени мученической кончины Игнатия антиохийского ученые колеблются между 104 и 116 гг., т. е. спорный период обнимает собою большую часть царствования Траяна, а в одном из новейших исследований {A. Harnack, Die Zeit des Ignatius und die Chronologic der antiochenischen Bischofe. Leipzig 1878) высказана догадка, что Игнатий пострадал, быть может, даже не при Траяне, а при Адриане (полное имя Адриана — Imperator Caesar divi Trajani parthici films, divi Nervae nepos. [Publius Aelius] Trajanus Hadrianus Augustus). Но это воззрение не встретило сочувствия среди ученых. В данном случае спор относительно времени смерти св. 

Игнатия вытекает из предубеждения против хроники Евсевия. Гарнак был поражен тем обстоятельством, что имена антиохийских епископов заносятся на четыре года спустя в сравнении с именами римских епископов. Он старался доказать, что это пикантное однообразие возможно лишь при подборе и корректуре годов. Но контрапроба Ляйтфута (J. В. Lightfoot, The Apostolic Fathers. Part II. S. Ignatius. S. Polycarp. Vol.1—III. London 1892) показала, что однообразие цифр не должно смущать историка; он приводит в пример перечень кентерберийских епископов, в котором часто фигурирует цифра 10. Та же странность замечается и в гражданской истории, например, в последовательной смене правлений во Франции после революции (1793, 1804, 1814, 1824). Таким образом, попытка потрясти хронологию антиохийской церкви не привела ни к каким результатам. Тем более странно сомневаться в датах Евсевия, что этот последний прямо сознается в своем бессилии, где он не может указать настоящих дат, как, например, относительно иерусалимского епископата.
Подробности мученической кончины Игнатия Богоносца исторически очень смутны. До нас дошли два подробных сказания об его кончине (martyria), существенно различные друг от друга. По первой редакции (так называемое martyrium Colbertinum: «Αρτι διαδεξαμ ενου»), Игнатий в самой Антиохии императором Траяном осужден был на съедение зверям, и уже осужденный, отправлен в Рим, где и скончался мученически в цирке в 107 году 20 декабря

 По другой редакции (martyrium Vaticanum: «Εν ετει»), напротив, предполагается, что почему-то Игнатий отправился в Рим еще до процесса над ним, здесь в Риме представлен на суд императора, посрамил императора и сенат, осужден и скончался мученически в римском цирке. Обе эти редакции согласно полагают мученическую кончину Игнатия в Риме. Но существует еще третье, смутное, правда, предание, записанное в одной сирийской рукописи и в хронике Иоанна Малалы, что Игнатий Богоносец скончался мученически в самой же Антиохии. 

На сторону этого последнего предания склоняется и Обэ. Но сохранившееся послание Игнатия к Римлянам и тот факт, что предание антиохийской церкви времени Златоуста говорит о мученической кончине Игнатия в Риме, отстраняют последнюю редакцию (в хронике Малалы). В конце концов приходится склоняться к тому, что встреча Игнатия Богоносца с Траяном произошла не в Риме, а в Антиохии. 

Требуется лишь отыскать, когда Траян был в Антиохии?
То и другое мученичество (Colbertinum и Vaticanum) указывают, как на время встречи Игнатия с императором, на 9-й год царствования Траяна, т. е. на 106 г. Отсюда предполагают, что и то и другое мученичество составлены по хронике Евсевия, где кончина Игнатия отнесена к 10 или, по некоторым спискам, к 9 году. Евсевий, может быть, выбрал этот год потому, что он представляет средину царствования Траяна. 

Однако 9-й год, принятый в martyrium Colbertinum и Vaticanum, не согласен с другими историческими известиями: нет никакой возможности по существующим в настоящее время историческим памятникам доказать, что в 106 или 107 г. Траян был в Антиохии. Присутствие императора в Антиохии несомненно падает на 114 и 115 гг. В октябре 113 г. он отправился в парфянский поход и в Рим не возвращался, потому что на обратном пути в 117 году скончался. Во время пребывания в Антиохии в 115 году, в январе или феврале, случилось страшное землетрясение. Один из консулов этого года, Marcus Vergilianus Pedo, погиб под развалинами какого-то здания.

Сам император едва спасся в окно. Таким образом, наступило очень тревожное состояние умов и весьма возможно, что оно и послужило поводом к мученической кончине Игнатия. Ожесточенный бедствием народ мог потребовать смерти «безбожникам», и антиохийская церковь должна была выставить из своей среды жертву — своего епископа. 

Траян отдал его на растерзание зверям в Риме: причины этого необъяснимы, но такова была воля императора. Во всяком случае, если бы Игнатий был осужден и проконсулом в Антиохии, то его отправка в Рим все-таки не совсем понятна: нет никакого основания думать, что Игнатий принадлежал к числу римских граждан, о которых проконсул не властен был произнести окончательное решение, как это видно из письма Плиния. Сам Игнатий к императору, несомненно, не апеллировал. Остается одно возможное предположение: не заявил ли апелляции за Игнатия кто-нибудь другой?
Таким образом, результат получается следующий: что антиохийский епископ скончался мученически, это несомненный исторический факт. Нужно принять за достоверное и то, что св. Игнатий скончался именно в Риме, а не в Антиохии. Но остальные подробности осуждения его на смерть остаются темными.
К 106—107 году Chronicon Eusebii относит и мученическую кончину епископа иерусалимского Симеона, 120-летнего старца. Он обвинен был пред проконсулом Аттиком как христианин и как давидит, т. е. претендент на иудейский престол. 

Что он после долгих истязаний был распят на кресте, в этом нет ничего невероятного. Но больше оснований предполагать, что временем преследования его были последние годы (115—117) Траяна, когда вспыхнуло восстание иудеев, и не только в Палестине, но и в Египте, Кирене, Кипре. В эту тревожную эпоху политическая подозрительность вполне понятна и происхождение от Давида должно было сильно отягчить положение престарелого епископа, принадлежавшего к христианскому (недозволенному) обществу. Но нужно относить к разряду мифов переписку между президом первой Палестины Тиберианом и императором Траяном. Первый указывал на малочисленность христиан и безвредность их для общества, и император ответил ему запрещением казнить их. Самыми своими техническими выражениями эта переписка доказывает, что она сочинена после Юлиана. Палестина является здесь разделенною на две провинции; христиане называются галилеянами.
Третье мученичество, которое относится ко времени Траяна, есть мученичество Климента римского. Предание о Клименте, епископе римском, как мученике или исповеднике, одно из темных. Martyrium Clementis — позднего происхождения (comes offlciorum, упоминаемый уже там, в действительности является впервые лишь при Юлиане). 

Предание о мученичестве Климента засвидетельствовано в первый раз в 398 г.: Руфин называет его «martyr». Иероним говорит, что в Риме была ecclesia sancti Clementis. В 417 г. папа Зосим в послании Аврелию карфагенскому говорит, что собор, рассматривавший дело пресвитера Целестия, заседал «in sancti Clementis basilica, qui [Petri apostoli disciplinas] etiam martyrio consecraret». Но с другой стороны, Евсевий в истории говорит только, что Климент в третий год Траяна скончался, и в хронике Евсевия о мученичестве его также не упоминается. В особенности важно молчание св. Иринея лионского, который, перечисляя римских епископов (III, 3, 3), лишь об одном Телесфоре († 135—137) замечает: «ος και ενδοξως εμαρτυησεν», «который славно засвидетельствовал» (мученичеством свою веру), и не упоминает о мученичестве Климента, тогда как это был бы первый мученик на римской кафедре. Чтобы устранить молчание Иринея, делают особенное ударение на слове «ενδοξεωσ», чем предполагается, что пострадали и другие, но не так славно, как Телесфор. Очевидно, это объяснение отзывается искусственностью.
Ввиду такого состояния исторических данных не только протестантские, но и католические ученые по вопросу о Клименте колеблются.

 Протестанты иногда ставят вопрос весьма круто и предполагают, что или предание о Клименте епископе римском образовалось из предания о Клименте консуле, который казнен при Домициане, или Климент консул явился из Климента, епископа римского. Но такая радикальная постановка вопроса несправедлива ввиду того, что, с одной стороны, консул Климент был личностью слишком заметною, так что о нем осталось свидетельство в языческой истории, и все же черты христианства его недостаточно ясны, чтобы переделать его в епископа, а с другой, и Климент епископ засвидетельствован весьма твердо, известно и его послание к коринфской церкви. Поэтому речь может быть лишь о том, ссылка епископа Климента «в Понт» не есть ли переделка (по недоразумению) известия о ссылке Флавии Домитиллы на остров Понтию.
Судя по древним календарям, нет никаких оснований предполагать, чтобы в Риме чествовали память Климента мученика. В карфагенском календаре упоминается мученик Климент, но он не называется епископом, что делается относительно Ксиста, Киприана и др. Более древнее «Depositio martyrum» упоминает также о мученике Клименте, но под другим числом (в ноябре месяце) и снова без слова «епископ».

 В римском «Liber pontificalis» говорится, что Климент скончался в Греции в марте. Ввиду всего этого, естественно, что вопрос о месте мученической кончины Климента приходится считать темным и неразрешимым на основании древних исторических памятников. Что касается того, что первоучители славянские нашли в Крыму мощи Климента и его ученика, то это без сомнения было для того времени, в которое они жили, фактом.

 Но сами по себе нетленные мощи не удостоверяют исторической личности, если не сохранилось других преданий, и факт принесения мощей из Крыма св. Константином нисколько не устраняет сомнений, возникающих из отсутствия нужных свидетельств в древней христианской литературе. История Крыма совсем не такова, чтобы предания могли здесь храниться неповрежденными; это могли быть мощи какого-нибудь другого Климента, пострадавшего здесь с учеником своим, и отождествленного с Климентом римским. Что местные жители называют его «римским» епископом, в этом нет ничего удивительного. Это могло тем скорее случиться здесь с другим лицом, что Крымский полуостров был заселен различными народностями. 

Прочно с римской империей жители его не были связаны; естественно, что присланного сюда иностранца мученика они назвали «римским». Также и то, что и в Риме встречают его, как епископа, неудивительно: историческая эрудиция папы Николая I была очень невысокой пробы, даже касательно событий ближайшего времени, а тем более касательно древних преданий.