Так называемое второе гонение на христиан было в последние годы царствования Домициана (81-96).
Тит Флавий Домициан принадлежал к числу самых подозрительных государей, которых знала римская империя. Он постоянно склонен был опасаться заговоров и, может быть, ни при одном из римских императоров философам и вообще лицам, почему-либо казавшимся подозрительными, не жилось в Риме так плохо, как при этом государе. 

Весьма много сенаторов старо-римского образа мыслей казнено или изгнано. Имущество казненных отбиралось в казну; родственники и жены их были изгоняемы. В связи с этой политической подозрительностью императора стоит и следующий факт. Домициану показались подозрительными давидиты, т. е. потомки Давида, жившие в Иерусалиме. Как члены древнего иудейского дома, они, казалось Домициану, могли естественно предъявить какие-либо претензии на иудейский престол. Поэтому были вызваны в Рим в числе других внуки (υιωνοι, у Руфина nepotes) Иуды, сродника (αδελφου) Иисуса Христа. 

Но когда эти иудеи показали, что вся их собственность состоит из девяти тысяч динариев, притом не в наличной сумме, а в недвижимой собственности в виде 39 плефров земли, за которую они платили подать и которую обрабатывали своими собственными руками, то император увидел, что подобные претенденты, с покрытыми мозолями руками, если бы даже у них явилась мысль о правах на престол, не могли быть опасными для него; поэтому он отпустил их без всякого дальнейшего преследования (Eus. h. е. Ill, 20, из Игисиппа).
Другой характеристичной чертой царствования Домициана являются фискальные меры для пополнения истощившейся императорской казны. Истощение этой казны было естественно: одно царствование Нерона стоило Риму чрезвычайно дорого. Нерон хотел быть щедрым и щедрым до безумия. Одному своему любимцу за самую ничтожную услугу он подарил 2,5 миллиона динариев. Мать, желая удержать его от такой безрассудной траты, велела все подаренное серебро и золото собрать и показать его Нерону; но последний, увидев принесенную кучу и узнав, что здесь все подаренные деньги, сказал: «Я не знал, что здесь так мало, — добавьте еще половину». 

При таких безумных тратах необходимо было прибегнуть к таким мерам, как понижение курса монеты и наложение новых налогов. В числе новых налогов, введенных в это время, является «fiscusjudaicus», выродившийся из подати на храм иерусалимский, которую, собственно, должны были вносить лишь первородные, но в действительности вносили все евреи. Как бы в насмешку над религией евреев, их заставили вносить эту подать (дидрахму = 50,2888 коп. зол.) на храм Юпитера Капитолийского. Чтобы избавиться от этой подати, многие отказывались от иудейства, хотя и были обрезаны. Во избежание таких, невыгодных для императора затруднений, предписано было подвергать заподозренных в иудействе медицинскому осмотру с целью выяснения: был ли обрезан он, или нет. Многие, вовсе не имевшие близких отношений к иудейству, вносили подать, лишь только были заподозрены в иудействе, лишь бы избавиться от осмотра. Такой порядок взыскания сделал эту подать ненавистною не только для иудеев, но и для всего римского народа, так что, по смерти Домициана, в честь преемника его Нервы, благодарный сенат выбил монету с написью: «За отмену клеветы из-за иудейского фиска» (fisci judaici calumnia sublata).
В интересах пополнения государственной казны Домициан и обратился к преследованию вообще тех, которые держались иудейской религии без заявления о том (improfessijudaicam viverentvitam, Sueton. Domit. 12). Таким образом, преследование не имело религиозного характера. Хотя с падением Иерусалима самый фонд для существования иудейской религии перестал существовать, однако правительство не предпринимало религиозного преследования против иудеев. 

Оно преследовало лишь тех, которые сбивались (εξοκελλοντες, по Диону Кассию) в иудейство, не сделав о том предварительного заявления (improfessi). По всей вероятности, под этими «improfessi» разумелись не одни только иудеи (по происхождению), но и христиане, смешиваемые с иудеями, так что весьма возможно, что неприятная фискальная мера затрагивала постоянно и христиан. Те же, которые открыто признавали себя иудеями и беспрекословно соглашались делать взносы в храм Юпитера Капитолийского, — эти не подвергались преследованиям со стороны правительства. Таким образом, правительству нужно было разыскать лишь таких, которые вели иудейский образ жизни, не заявляя о том. Иудейский фиск взыскивался с обрезания. Христиане, как не принадлежащие к обрезанным, понятно, отказывались платить, вследствие чего, естественно, на них было обращено внимание. Когда на следствии было выяснено, что многие из христиан были не семитического происхождения, что христианство жило не естественным ходом, но поддерживалось посредством прозелитизма, они подвергались преследованию.
Таким образом, если при Домициане христиане и были преследуемы, то наравне с иудеями. При этом можно говорить о гонении на христиан при Домициане только в последние 8 месяцев его царствования.
Одно случайное обстоятельство сделало это гонение предметом особенного внимания ученых новейшего времени. У языческого греческого историка Диона Кассия в отделе о гонениях Домициана, не сохранившемся до нас, но дошедшем в позднейшем пересказе Иоанна Ксифилина, говорится, что при Домициане в самом начале 96 г. был казнен консул прошедшего 95-го года Тит Флавий Климент, родственник императора, по обвинению в «αθεοτης». По Светонию, он казнен за величайшую небрежность при исполнении своих обязанностей (contemptissima ignavia). Жена же казненного, Флавия Домитилла, также родственница императора, была сослана, по одним источникам, на остров Пандатерию, по другим — на Понтию. Этот Тит Флавий был двоюродным братом Домициана, который сына его прочил в наследники престола.
Процесс против Флавия Климента затронул и других лиц, которые приняли иудейские обычаи и уклонялись в иудейскую религию. Одни из них были казнены смертию, у других конфисковано имущество, третьи сосланы. Казнен был также Глабрион (консул 91 г.), по обвинению, впрочем, не имеющему ничего общего с безбожием.
Ученые нашего времени высказывают относительно этого Климента очень остроумные соображения. Так, некоторые отождествляют его с Климентом, епископом римским, от которого осталось известное послание к Коринфянам, предполагая, что христианское предание из этого Климента, консула языческого, сделало древнеримского епископа. 

Но признать, что церковное предание сделало это отождествление, значит допустить слишком большую свободу в объяснении фактов. Оставив в стороне этих ученых, можно спросить, был ли этот Климент христианским мучеником?
В положительную сторону при решении этого вопроса склоняются многие авторитетные ученые. Но в этом можно сомневаться. Величайшая небрежность (contemptissima ignavia) могла характеризовать и христианина: в глазах культурного язычника христианин мог представляться inofficiosus (небрежным в исполнении своих обязанностей). Но заключать отсюда, что Климент был христианином, было бы очень смело и даже обидно для христианства. Обвинение в безбожии — αθεοτης, crimen sacrilegii, могло быть возводимо и на какого-нибудь язычника, в особенности при таком императоре, который называл себя не только Dominus, но и Deus. Достаточно было опустить титул «бога», увлекаясь привилегированным положением и родственными связями с императором, чтобы быть обвиненным в αθεοτης. Затем, не видно, чтобы казненный Климент обвинялся в иудейских обычаях. Таким образом, Тит Флавий Климент не был христианином. Если бы он был христианин, то предание не забыло бы его. Правда, церковное предание не сохранило имен многих мучеников. Но иное дело забыть какого-нибудь раба, дровосека, иное — верующего из дома кесарева. Допустить это значит предположить очень странную забывчивость в христианах первых веков. Если бы Флавий Климент был христианином, то едва ли были бы возможны слова Тертуллиана, что и «императоры сделались бы христианами, если бы могли быть христианами». Да и Евсевий не был таким непроницательным ученым, чтобы не отметить такого факта. Но он не делает ни малейшего намека на христианство Климента. Напротив, он положительно говорит о христианстве Домитиллы, ссылаясь на свидетельство до нас не дошедшего языческого писателя Бруттия или Бреттия (III века). Очевидно, что Евсевий не нашел текстуального свидетельства о христианстве Климента. В таком положении нужно оставить этот вопрос и в настоящее время. Известие о христианстве Домитиллы является для нас тем более достоверным, что христианство вообще проникало в высшие сферы скорее через женскую половину.
С гонением Домициана церковное предание ставит в связь ссылку на остров Патмос Иоанна Богослова. Об этом говорится уже у Евсевия (III, 18), который ссылается в данном случае на Иринея (Adv. haer. V, 30, 3). Предание о том, что предварительно апостол Иоанн при Нероне был вызван в Рим и, брошенный здесь в котел с кипящим маслом, остался невредимым, читается у Тертуллиана (De praescr. 36).