Время патриархов совпало поначалу со Смутным Временем и выдвинуло их в политической жизни России на первое место. 

Но как только «земля успокоилась», патриархи снова, в духе русской православной церкви, не цепляясь за политику, сошли на роль смиренных царских богомольцев. Церковь, однако, по-прежнему стояла очень близко к делам государственным. Флетчер о данном моменте свидетельствует, что патриарх с митрополитами и епископами систематически по пятницам заседает на Совете у царя.

 И царь выслушивает мнения патриарха и других духовных лиц раньше мнения бояр. Патр. Иов служил царю Федору с горячей преданностью. Начиная с Карамзина, почти все историки обвиняют Иова в человеко угодничестве. Получив патриарший титул из рук Б. Годунова, Иов был его последовательным приверженцем. Имя Иова поэтому неотделимо связывается с ролью Годунова в загадочном деле внезапной смерти 15.V.1501 г. царевича Димитрия.

 Официальная летопись гласит, что царевича убили агенты Годунова, а все следствие о деле было годуновской подделкой. Жители города Углича потерпели жестокие наказания: отрезания языка, ссылки в Пелым и т. д. Следователь боярин Василий Щуйский свалил всю вину на жителей Углича, действовавших по наущению бояр Нагих.

 Царь направил дело на отзыв патр. Иову. Патриарх не внес никакой ревизии, подо всем подписался: «пред государем — царем Михайлы и Григория Нагих и углицких посадских людей измена явная. Царевичу Димитрию смерть учинилась Божиим судом». Последнее выражение явно дипломатическое. Что касается казней, Иов пишет: «чинить казнь дело государя, а наш долг молить Бога за государя». Проф. Платонов, признающий следственное дело тенденциозным, ни в чем, однако, специфически не обвиняет Иова. Иов просто лояльно следовал за официальной истиной. Наши историки Щербатов и Костомаров считают и дальнейшую роль патр. Иова в выборах на царство Бориса его благодарной расплатой за возведение в патриархи. 

Но ничего лично своего в угличское дело Иов не внес. Он просто шел за политической акцией боярства, не им выдуманной.
Царь Федор скончался 7.I.1598 г. Умирая, он завещал царский венец своей супруге, царице Ирине Федоровне (Годуновой). Царскую Думу завешал ведать: патр. Иову, Борису Федоровичу Годунову и боярину Федору Никитичу Захарьину-Юрьину. Но царица, приняв на мгновение корону, ушла от ее бремени, спешно постриглась в монахини под именем Александры. Народу приходилось присягать уже не царице, а Думе. Привели к присяге.

 Народ не хотел «коллектива», ждал лица царя или царицы. Посему делали вывод, что, если Ирина Федоровна постриглась, пусть царем будет брат ее — Борис Федорович. Дьяк Иван Тимофеевич говорит, что патриарха даже понудили пойти в Новодевичий монастырь просить инокиню Александру, чтобы она благословила брата на царство.
Б. Годунов, как известно, несколько раз отказывался. С его стороны это была демагогическая методичность. Упрямством он вызвал более авторитетный орган его приглашения — Земский Собор 1598 г. В спешке собраны только московские делегаты, но целых 470 человек. На соборе патриарх, отражая общий сговор, заявил: «а у меня, Иова патриарха и у митрополитов, архиепископов, епископов и всего освященного собора, которые при преставлении царя Федора Ивановича были, мысль и совет у всех один, что нам мимо Бориса Федоровича иного государя никого не искать и не хотеть». На том и порешили. И пошли в Успенский собор петь молебен, чтобы Бог даровал царя. Потом умоляли Бориса. Такая церемония длилась три дня, после чего Борис согласился. Но, предвидя трудности укрепления авторитета своей династии, он потребовал составления особой «Уложенной Грамоты». Она была составлена, подписана патриархом, всей Думой и положена в раку святителя Петра. Написана новая форма присяги со страшными заклятиями. 

Присягу принесли все в Успенском соборе. Послано особое послание по всем церквам — молиться за царя Бориса. Для коронации, назначенной в сентябре, составлен был новый текст молитв.
Но Борис был «реалист». Одних церковных гарантий ему было мало. В борьбе за укрепление престола он скоро перешел к гонениям на «врагов», к ссылкам, к террору. Патр. Иов, ставленник Бориса, на фоне общего беспокойства оставался молчалив и лоялен. Тогда раздались упреки: «что, отче святый, новотворимое сие видиши, а молчиши?» Патриарх внутренне страдал, но внешне ни на что не решался. По словам летописца, «день и нощь со слезами непрестанно в молитвах предстоял в церкви и в кельи своей; непрестанно пел молебные пения собором, с плачем и великим рыданием; также и народ с плачем молил, дабы престали от всякого злого дела, паче же от доводов и ябедничества, и бе ему непрестанные слезы и плач непостижимый».
Началась смута…
В 1603 г. явился первый самозванец. Иов, уже старый и больной, твердо встал за Бориса. За подписью Иова были отправлены специально обличительные грамоты. Одна адресована Раде Короны Польской. Здесь Лжедимитрий называется грубым обманщиком, бывшим монахом и диаконом Григорием Отрепьевым. 

Другая грамота послана к военному главе Речи Посполитой, князю Константину Ивановичу Острожскому, лично знавшему Отрепьева, с просьбой обличить его и арестовать. Но все эти моральные мотивы отскакивали как горох от стены от Польши. Фатум истории толкал последнюю на решающий поединок с Русью. Кому быть гегемоном славянских народов всей европейской равнины: Руси или Польше? Польша упорно реализовала свою фантастическую ставку на фальшивого царя, с фальшивой верой (унией). Глубокие социальные брожения, заложенные еще насильственными земельными переделами Грозного, давали живучесть народному бунту. На него опиралась полуискренняя вера в Димитрия бунтовского меньшинства. Большинство примыкало, разжигаясь классовой завистью и местью. Субсидируемый Польшей и руководимый Ватиканом Самозванец в Курских пределах перешел границу. Электрический ток измены быстро передался Москве. На авторитет церкви и патриарха легла ответственная и срочная задача — заливать пожар бунта.

 Патриарх многократно с амвона уверял толпу в действительности смерти царевича Димитрия и в тождестве нынешнего Лжедмитрия с известным ему «вором», сыном Чудовского дьякона, расстригой Григорием Отрепьевым. Мать царевича Димитрия, инокиня Марфа (последняя жена Грозного, Мария Нагая) вывезена была из Углича в Москву для публичных заявлений с амвона, что подлинный сын ее, царевич Димитрий, действительно убит. В том же духе посылались патриархом прокламации к воеводам, войскам и дворянам по всей России. 

В январе 1605 г. патриарх дал инструкции всем епархиальным начальникам, как утишать опасность бунта. Епархиальные начальники должны были припугнуть народ, что дело идет об отнятии у него православной веры, что польский король Сигизмунд пользуется Самозванцем для попрания на Руси православной церкви и обращения народа в латинскую и в лютеранскую ересь. Предписано через епископов читать об этом во всех церквах, петь молебны о победе царского войска и анафематствовать Самозванца и всех пристающих к нему русских изменников.
Увы, Самозванец довольно успешно продвигался к Москве. Монолит законного царелюбия оказался надтреснутым. Борис воспринимался, как царь неподлинный, не — «прирожденный». Миф «прирожденного» царя оказывался сильнее царя искусственного, т. е. выбранного. Не помогала ни церковь, ни миропомазание. Миф прирожденности умножался еще на романтику дитяти, чудесно спасенного от грозившего ему мученичества. Так сновидение и реальность в психике масс поменялись своими местами. Так высший идеалистический инстинкт явился каналом, по которому потекла вода низших, корыстных, грабительских вожделений.
При виде этой картины, царь Борис 13-го апреля 1605 г. почти скоропостижно скончался. Агония длилась всего два часа. 

Официальная присяга Москвы, войска и всей России была принесена вдове Бориса, Марье Григорьевне и его и ее детям, Федору и Ксении. Но миф царя подлинного побеждал. 7-го мая изменило официальному правительству и Московское войско. 1-го июня бунтующая Москва послала в Тулу к Самозванцу делегацию с повинной. Самозванец принял ее и потребовал в виде гарантий «истребления его врагов». Москвичи убили царицу Марью и Феодора, а Ксению отдали Самозванцу. Последний приказал ее заточить в монастырь. Бунтовская толпа ворвалась и в Успенский Собор, чтобы обезглавить церковь, физически убрать патриарха. Иов мужественно, стоя направо от царских врат пред образом Владимирской Богородицы, громко молился: «о Пречистая Владычица Богородица! Сия панагия и сан святительский возложены на меня недостойного в Твоем храме, у Твоего Чудотворного Образа. И я, грешный, 19 лет правил слово истины, хранил целость православия; ныне же, по грехам нашим, как видим, на православную веру наступает еретическая. Молим Тебя, Пречистая, спаси и утверди молитвами Твоими Православие».

 Бунтовщики набросились на Иова, трепали, били и вытащили на Лобное место. Патриарший двор был разграблен. Сам патриарх оставлен в живых и просил, чтобы его вернули на его родину, в Старицкий монастырь под ведение архимандрита Дионисия. Так как весь Освященный Собор фактически покорился Самозванцу, то и Самозванец издал через Собор приказ: — исполнить просьбу узника Иова, увезти в Старицу, «взять его там за приставы» и содержать «во озлоблении скорбном». Там через два года, 19-го VI. 1607 г. Иов и скончался. 

Но он пережил Самозванца, и мы его еще увидим в Москве.