Выход из кельи запрещен. Приставлена стража. И с ней запрещено разговаривать. Строгий тюремный режим. В январе 1667 г., когда собор московский еще не кончился, Никон пишет царю: «ты просишь у меня благословения, примирения, но я даром тебя не благословлю, не помирюсь. Возврати из заточения, так прощу». 

Но время великий целитель. На Пасхе 1668 г. Никон согласился послать благословение царю. Пил на разговеньи за здоровье царской семьи. Но, правда, и царь Алексей мучился строгостью последствий суда над Никоном. Приказал отстроить в монастыре новые кельи для узника, разрешил общение с насельниками монастыря и даже с богомольцами.
Но озлобленные личные враги Никона были против этих царских милостей. Царь собрал экстренное совещание с участием не только нового патриарха Иоасафа II, но и двух восточных патриархов, продолжавших еще кормиться в Москве. Постановили: взять Никона из Ферапонтова и перевести в более отдаленный монастырь на севере. 

Но царь Алексей, — а за ним стояла сердобольная почитательница Никона, сестра царя, Татьяна Михайловна, — решительно этому воспротивился. Тогда враги начали искусственно собирать дутый материал будто бы о политической измене Никона. Так как началось бунтарское движение Стеньки Разина, то сочинили миф, будто Никон сговаривался с казаками бежать на Дон. Пошли допросы, розыски. Как подсудного, Никона снова заперли в келье по тюремному. Никон пишет царю в 1672 г.: «Теперь я болен, наг и бос.

 Со всякой нужды келейной и недостатков оцынжал, руки больны, левая не подымается, на глазах бельма от чада и дыма, из зубов кровь идет смердящая, и они не терпят ни горячего, ни холодного, ни кислого. Ноги пухнут. Приставы ничего ни продать, ни купить не дают. Никто ко мне не ходит и милостыни просить не у кого». 

Царю хотелось облегчить положение страдающего. Чтобы сломить волю своего правящего класса царь придумал даже обходный маневр. Просил КПльского патриарха Парфения, как канонического арбитра, церковно облегчить виновность Никона, чтобы царю, без возражений с церковной стороны, можно было Никона помиловать.

 Уже с лета 1672 г. царь разрешил Никону выходить из кельи, прогулки на воле около монастыря, хозяйственно самообслуживаться, без ограничений читать книги. Кельи были расширены. Никон опять стал принимать посетителей, раздавать им милостыню, лечить болящих. Царь даже думал о возвращении его в его Воскресенский монастырь. Но враги продолжали бояться и ожесточаться. Один из них с 1674 г. стал патриархом. 

Это — патриарх Иоаким (Савелов). Он даже вновь повернул к тюремному режиму положение Никона. Никон раздражался, писал в Москву резкие жалобы, считал себя по-прежнему патриархом и суд над ним незаконным и этим только оправдывал отягчение своего режима. Он ожесточался и против царя Алексея. Тот перед своей смертью (29/I — 1676 г.) в духовном завещании просил у Никона прощения: «От отца моего духовного, великого господина, святейшего Никона, иерарха и блаженного пастыря, аще и не есть на престоле своем. Богу тако изволившу, прощения прошу и разрешения». Тут же царь высказывал свое желание, чтобы Никону был возвращен патриарший сан, что и исполнил сын Алексея, царь Феодор. Узнав о смерти царя Алексея и о тексте его завещания, где он просит у Никона прощения, Никон прослезился, но прощения на письме не дал. 

Вот мотивы Никона: «Воля Господня да будет. Если государь здесь на земле перед смертью не успел получить прощения, то мы будем судиться с ним во второе страшное пришествие Господне. По заповеди Христовой я его прощаю и Бог его простит. А на письме прощения не дам, потому что он при жизни своей не освободил нас из заключения».
Режим Никона ухудшился. 

При дворе царя Федора взяла верх партия врагов Никона: Милославских, Хитрово, Стрешнева. А друзья его — Нарышкины, А. Матвеев, потеряли вес и даже подверглись опале. На очередном церковном соборе в мае того же 1676 г. патр. Иоаким, при поддержке других архиереев, поднял некий шум о поведении Никона и счел нужным дополнительно осудить его за не исправление и новые преступления, из которых составился длинный мелочный список: 

1) Никон продолжает называть себя патриархом; 

2) бьет слуг и монахов; 

3) редко ходит в церковь; 

4) не молится за царя и патриарха; 

5) уже 4 года как не имеет отца духовного; 

6) живет не по монашески: во всю четыредесятницу после смерти царя Алексея пил до пьяна; 

7) морил людей своими лекарствами; 

8) стрелял в птицу, которая у него таскала рыбу. 

Постановили перевести узника в Кириллов монастырь и «держать к нему всякое призрение к обращению его и к покаянию прилежно, а на злые дела его не попускать». Никон был переведен в Кириллов и опять помещен в закоптелой дымной келье, из которой ему не разрешено никаких выходов, кроме церкви, а равно и к нему никому никакого доступа. 

Лишен был Никон и бумаги, и чернил. Только через четыре года наступило облегчение. Верная Никону тетка царя Федора, Татьяна Михайловна, при поддержке уже новых людей в церковной Москве, как Симеон Полоцкий и сама братия Никонова Воскресенского монастыря, — все хлопотали о возврате туда Никона. И сам царь Федор склонялся к этому. 

Царь поставил даже этот вопрос на повестку собора 1681 г. И некоторые архиереи высказывались положительно. Но патр. Иоаким был решительно против и никак не сдался, несмотря даже на личные уговоры царя Федора. Тогда царь Федор обратился с просьбой о прощении Никона к восточным патриархам. 

Не успела эта долгая процедура дать результат, как из Кириллова получилась весть, что Никон тяжко болен. Тогда царь своей властью приказал везти Никона в Воскресенский монастырь. Везли его уже по Волге и были против Толгского монастыря под Ярославлем, как 17 августа 1681 г. Никон скончался. Царь продолжал командовать: — отпеть Никона по архиерейскому чину, несмотря на протесты патр. Иоакима, и сам нес гроб Никона до могилы, сам целовал руку покойника и за царем все другие, а митрополит Новгородский Корнилий по просьбе царя даже и поминал Никона патриархом. 

Эта смелость царя была вскоре оправдана. В 1682 г. патриархи прислали разрешительную грамоту. В ней повелевалось причислить Никона к лику патриархов и поминать в таком звании открыто в церкви.