Сей огонь и воду и медные трубы прошедший авантюрист сразу понял, что сила на Москве у царя и его партии, а побежденное бессилие и всеми оставленность на стороне Никона. Лигарид самоочевидно решил «заработать» на угождении силе. 

Все ответы Лигарида были беспощадно обвинительными против Никона. В порядке судебного состязания Лигаридова записка была предъявлена Никону для соответствующих объяснений. И вот Никон на вынужденном досуге, в своем монастырском уединении, пылая страстной ненавистью и презрением к продажной душе Лигарида, в ответ на его трактат написал целую объемистую диссертацию на тему об отношении двух властей.

 Она составляла 900 рукописных листов и хранилась до большевиков в библиотеке самого Воскресенского Новоиерусалимского монастыря. Ее заглавие: « Возражения или разорениясмиренного Никона, Божиею милостию патриарха, противо вопросов боярина С. Стрешнева, еже написа Газскому митрополиту Паисию Лигаридиусу и на ответы Паисеовы».
Сочинение это до сих пор полностью не было издано по-русски. Им в свое время увлекся известный пьюзеист англо-католик диакон Вильям Пальмер и издал его в своем собственном переводе на английский в шести толстых томах под заглавием «Тhе Тzаr аnd Тhе Раtriаrсh» (Лондон, 1873 г.). Пальмер, не принятый в православие, но принятый Римом, пленился латино-теократическим духом сочинения Никона. И это не случайно. 

На свое латинское теократическое построение Никон был уполномочен старой русской традицией, вошедшей в нашу письменность со времени Геннадия Новгородского (конца ХV века) через хорвата доминиканца Вениамина, сотрудника Новгородского архиепископа в его борьбе с еретиками жидовствующими. 

Вениамин сделал свой солидный вклад переводами на церковно-славянский язык с Вульгаты и частей текстов и целых священных книг в первое русское собрание так наз. Геннадиевской Библии. И пустил в оборот апокрифическое правило VI Вселенского собора о соотношении двух властей в латинском духе теории двух мечей. Теория эта ближайшим образом отразилась и на иосифлянской теократической идеологии и лишь с необычайным темпераментом и крайностью воспринята Никоном за чистую монету восточно-канонического церковного права. Недаром сердце Пальмера пленилось этим западным вкусом вдохновенного творчества Никона.
Священство выше царства, по Никону — в силу превосходства его задач и правомочий, при сравнении двух величин. Царству поручено земное — низшее, священству небесное — высшее. «Хощеши ли навыкнути», обращается к Лигариду патриарх, «яко священство и самого царства честнейшее и большее есть начальство, и да не багряницу речеши ми, ниже диадиму, ниже ризы златы, — сень бо вся она и вешных цветов худейша.

 Всяка бо слава человеча, рече, яко цвет травный, аще и самую речеши царскую багряницу… Аще бо и честен Вам престол царский является от приложных ему камений и обдержаща и злата, должен есть судитися яко царь, но обаче яже на земли получил есть строительствовати и множае сия власти не иметь ничтоже. Священства же престол на небеси посажен есть. Кто си глаголет? — Сам Небесный Царь: елика бо аще свяжете на земли, будут связаны на небесех. Что сея равно убо будет чести? От земли начало суда приемлет небо.

 Понеже Судия на земли осудит, Владыка бо последует рабу, и яже убо сей осудит, сия Он горе утверждает. И между Бога и человеческаго естества стоит священник, яже отнюду чести сводя к нам, яже от нас мольбы возводя… 

Сего ради и царие помазуются от священническую руку, а не священники от царские руки. И самую царскую главу под священниковы руце принося, полагает Бог, наказует нас, яκо сей она больши есть властник, меньшее бо от большаго благословляется… Царь здешним вверен есть, а аз небесным. Царь телесным вверяем есть, иерей же — душам. Царь долги имениям оставляет, священник же долги согрешениям. Он принуждает, а сей и утешает. Он — нужею, сей же советом. Он оружия чувствена имать, а сей — духовная. Он брань имать к супостатам, сей же к началом и миродержателем тьмы века сего. И сего ради: священство царства преболе есть».
Из самого библейского происхождения царства и священства Никон выводит также их неравенство. Неравенство их усматривает Никон и в судьбах истории церкви. 

«Священство не от человек, ни человеком, но от самого Бога, и древнее и нынешнее, а не от царей. Но паче от священства царство произыде и ныне есть: якоже устав царскаго поставления свидетельствует. Священство всюду пречестнейше есть царства, якоже выше назнаменах от божественнаго писания. И ныне паки речем: царство аще и от Бога дадеся в мир, но во гневе Божии. И через священство помазуется чувственным елеом. 

Священства же помазание — Св. Духом непосредственно… Власть священства толико гражданские лучши есть, елико земли — небо, пачеже много вящши. Наше бо, рече, житие на небесех и живот наш тамо сокровен со Духом в Бозе… Сего ради не точию князей и местных, но самих иже диадимою обложенных большую прияша честь имущии сию власть… Якоже капля дождя от великия тучи, т. е. земля от небеси мерится, тако царство меньшится от священства».
Пока такое отношение властей соблюдается, и царства стоят твердо. В поведении ц. Алексея Никон видит нарушение этого богоустановленного строя. Царь Алексей не только «чин святительский и власть церковную восприял на ся». Мало этого кощунственного захвата чужой власти. Помимо этого царь посягнул на имущество церковное: «обнищал и ограбил св. церковь». «Все царское величество через божественные законы, вышеописанные зде, олихоимствова. И не имеет святая великая церковь никотораго причастия в Москве, якоже прежде при прежних царех и великих князех имела. Но есть пуста всякаго перваго своего состояния, яко вдова осиротевши… 

О себе не изволил государь праведно разсмотреть, колико у св. великой церкви Пр. Богородицы поимал отчин, людей и прочих всех домовых потреб: хлеба, рыбы, денег, лошадей и прочих потреб, вместо великаго приношения за помазание на царство. 

Такожде и от прочих свв. церквей и монастырей поимано елико отчин, и людей, и денег, и хлеба и лошадей, и кто то может исчислить? А ему великому государю св. великая соборная и апостольская церковь и прочия святыя церкви и святые монастыри ничем неповинны и никакими данми, разве по завещанию св. апостол, молитвою и честию».
Так, наивно смешивая хозяйственный исторический бытрусской церкви с существом канонов, Никон видит насилие над церковью даже в необходимых государственных и экономических реформах, задевающих «быт», и доходит в этом, кажущемся ему каноническом консерватизме (на самом деле канонического тут ничего нет), до отрицания экономического подданства государству церквей и монастырей. Это — более, чем латинский stаtus in stаtu. В сущности, это теоретическая ошибка, общая Никону с великим митрополитом Макарием, который также считал церковные имущества «навеки нерушимыми».
Никон усматривает новизну анти-каноническую там, где был только новый вариант исконных русских взаимоотношений церкви и государства. 

Московские великие князья и цари всегда были покровителями и соучастниками в церковном управлении. Созывали соборы, скрепляли их деяния, избирали и назначали архиереев и самих митрополитов и патриархов, и контролировали все епархиальное управление. Но теперь, после Уложения 1649 г., с переходом в государственное управление через «Монастырский Приказ» массы церковных имений, царь через чиновников «М. Приказа» естественно очутился в обычном праве ктитора над массой церквей и по обычному (а не новому) праву ктитора стал (по формальному бумажному производству) ведать назначением на места массы духовенства. 

В количественном отношении тут, конечно, произошла некоторая «перемена декораций». Но тут по существу не было для русской церкви никакой канонической новизны. 

И прежде представляли хиротонисающему иерарху кандидатов на священство сельские, слободские, городские, купеческие, казацкие общества, мелкие или крупные землевладельцы, или монастыри. А теперь все эти ходатайства унифицировались, проходя сквозь централизующий фильтр Монастырского Приказа. А Приказ этот был уже не прежней вотчинной царской природы, а природы чисто государственной.

 Но архиереи, как и в древней Руси, несмотря на весь активизм и свободу представления кандидатов на священство со стороны мирских инстанций, принципиально были свободны — удостаивать священства или нет представляемых кандидатов. 

Но самый стиль заостренного огосударствления данной функции церковного управления, конечно, был неизбежным последствием усвоения и московским правящим классом, его верхушкой, нового общеевропейского государственного самосознания. И для Москвы наступил срок ее выхода из-под купола средневекового теократического мировоззрения. Худо ли — хорошо ли, но это стало исторически неизбежным и тем более властным фактом, чем наивнее, слепее было нежелание понять и принять этот факт. Никон был воплощением этого типа слепоты и наивности. Праведна была его ревность о сохранении в принципе теократического идеала.

 Но совершенно безнадежна и бессильна была его попытка не вступать ни в какой компромисс с новой государственностью и начисто ее отрицать. Это была безысходная идейная антитеза трезвой действительности, психологически совершенно тождественная с той трагедией, в которую сам Никон вогнал слепых ревнителей обрядовой стороны, не принявших нового обряда с той же слепотой и упорством, с какими он сам отверг новое государственное право. 

Никон писал КПльскому патриарху, протестуя против новой государственности, против воцарившегося теперь на Москве царского штемпеля на делах подбора и поставления на все иерархические и приходские места. «Все ныне бывает царским хотением». «Егда хощет кто, диакон, или пресвитер, или игумен, или архимандрит поставлятися, тогда пишет челобитную Царскому Величеству и просит повеления, чтобы хиротонисали его митрополит или архиепископ.

 И царским повелением на той челобитной подпишут: «по указу государя царя — его поставити попом или диаконом или иного чину, кто во что поставляется. И сице хиротонисают их царским словом. И егда митрополит или архиепископ хиротонисает, тогда дадут наставленную грамоту и пишут: хиротонисася диакон или поп повелением государя царя, а не по заповеди Божией и не по правилам св. апостол и св. отец.
И егда повелит царь быти собору, тогда бывает. И ково велит избрати и поставити архиереем, избирают и поставляют. И ково велит судити и обсуждати, и они судят и обсуждают и отлучают.
И вся елика суть во епархии патриаршаго имения, царское величество на свои протори (т. е. расходы) емлет. И где велит, дают безчинно. Сице и от митрополичьих епархий, и от архиепископлих, и честных и великих монастырей имения по повелению его емлют. И людей на службу, и хлеб, и деньги по повелением своим велит взять и — возьмут немилостиво. И дани тяжки».
Практически, реально политически Никон был не прав.

 Но чутье ему верно подсказывало то, чего не понимали бояре-правители государства. А именно, что с новыми порядками и идеологией нового государства секулярного, наступает и новый, сначала только «лаический», секулярный, а затем и прямо антирелигиозный и даже безбожный дух, который повеял над русской церковью со времени Петра I. Руководясь этим чутьем и привязываясь к бытовым мелочам, Никон проникновенно и трагически характеризует творцов Уложения 1649 г. О князе Одоевском Никон пишет: «он, князь Никита, человек прегордый, страху Божия в сердцы не имеет и божественнаго писания и правил свв. апостол и свв. отец ниже читает, ниже разумеет и жити в них не хощет, и живущих в них ненавидит, яко врагов сущих, сам бых враг всякой истине. А товарищи его люди простые и божественнаго писания неведующии; а дьяки ведомые враги Божии и дневные разбойники, без всякия боязни во дни людей Божиих губят»… Князь Одоевский ссылался, что при написании Уложения он руководствовался Кормчей книгой. Никон объявляет это прямой ложью: «Како же ты, списателю неправедный, не убоялся Господа Бога Свята обезчестити… кто еси ты, через божественные законы и свв. апостолов и свв. отец правила, смел дерзнути новые бесовские законы написати, яко новый Лютер?»
Считая эту бытовую реформу «ниспровержением основ», Никон трагически призывал к прямой борьбе с государством и к мученичеству: «Тако и ныне, аще кто за св. евангельский закон и заповеди Христовы и свв. апостол и свв. отец каноны станет и мужески подвигнется, яко же и первии подвижницы, не точию судии послушает, но и оплюет и проклянет веления его и закон такожде и у пристава наказную и приставную память еще кто отъимет и издерет и поплюет и потопчет, не погрешит таковой спасения, якоже и первомученицы».
Никон, как и неразумно спровоцированные им старообрядцы, встав по мнимым основаниям на эту безмерно трагическую и апокалиптическую точку зрения, не убоялся и крайних выводов из нее. Диалектика Никона та же по существу, как и у напуганных им протопопов: Аввакума, Никиты, Даниила, Лазаря и пр. Если царь попрал каноны (мнимое попрание!) а архиереи ему покорились (а не покорялся ли несколько лет тому назад и сам Никон?), то и архиереи подвергли себя церковной анафеме и потеряли свое священство. Особенно Никон возмущался передачей звания местоблюстителя митрополиту Питириму царским указом без собора. 

Но ведь сделано это было по указанию самого же Никона! Никон с озлобленной, взвинчено истерической логикой обрядоверов, расколовождей, услаждается отчаянными выводами, вытекающими из создавшегося положения. Раз Питирим получил власть не из канонического, а из мирского источника, то он потерял и свое епископство. И «вси от него постановлении пресвитери и диаконы и прочии причетницы — чужды священия. 

И елицы от тех крещени, ниже христиане нарицати лепо есть. Такожде и вси, елицы ему приобщишася: митрополиты, архиепископы и прочии священнаго чина, и мирские люди, кто ни будь, по святым правилом низвержени и отлучени». Мрачная логика расколовождей! Чтобы не было сомнения в страшном радикализме его мысли, Никон настойчиво иллюстрирует ее подробно, по мелочам: «Мирскаго суда у царя просяй — не епископ. Такожде и прочии священнаго чина, оставивше церковные суды, к мирским судиям прибегнут, аще и оправдани будут — извергнутся.

 И елицы ныне митрополиты, архиепископы и епископы, архимандриты, игумены, священницы и диаконы и прочии причетницы церковнии, через божественныя правила под суд царский и прочих мирских людей ходят: — митрополиты уже несть к тому достойны именоватися митрополитами, також и архиепископы, даже и до последних. Аще и в чину себе сочетавают и священных одежд лепотами (украшенными) являются, по святым божественным канонам извержени суть. Темже и елика свящают — не освящени суть; елика благословляют — не благословени суть. Ибо от тех крещени — не крещени и поставлени — не причетницы… 

И такова ради беззакония все упразднилося святительство и священство и христианство — от мала до велика». «В соборной церкви (разумеется Успенский собор) ныне несть пения» (т. е. нет канонического благодатного, действительного богослужения). «И соборная церковь ныне учинена вертеп, или пещера. Потому ныне де вдовствует. А будет и патриарх новый будет, и она будет прелюбодеица» (!!). Такова же диалектика и прот. Аввакума и диак. Федора.
Доходя до этих Геркулесовых столбов, Никон должен был как-нибудь объяснить такую беду. Куда же вдруг девался православный Третий Рим? Я опять объяснение у Никона совершенно тождественное с его вчерашними друзьями, а ныне противниками: — наступили времена антихриста. «Яве есть всякому, пишет Никон, точию ум имущему разумети, яко время то антихристово есть. По деянию нынешнему: что беззаконнее еже царю архиереев судити? Не Богом данную власть взял на ся царь»… «Ныне мнози антихристы есть: Крутицкий митрополит и прочии подобны ему… Дух лестч — Газский митрополит и иные подобные ему». Явление антихристово вообще не чувственно и тонко. Оно пришло с момента, когда мирские власти овладели делами церковными. Антихрист умеет заставить кланяться себе нечувственными путями: «якоже ныне архиереи, оставя свое достояние священническое и честь, кланяются царем и князем, аки преобладающим, о всем спрашиваются и чести ищут и сподобляются, по писанному: оставя прямой путь, ходят во стезях погибели». 

В письме к Зюзину Никон твердит: «ныне антихристи мнози быша, и от сего разумеем, что последний час есть».
Если из фактов вмешательства государства в дела церкви (хотя бы и незакономерного), Никон делал такие ультимативные выводы, то он этим оправдывал своих противников, — делать в обратную сторону, и против Никона, такие же безмерные и неправильные выводы о праве церкви влиять на государство. По Никону, патриарх имеет право и долг контролировать по мерке христианского идеала всю государственную жизнь и обличать все ее уклонения от норм канонических, не щадя и самого царя. Призывая к бунту по поводу Уложения 1649 г., Никон самым неудачным образом обличал свою идеологию, как римский клерикализм в его крайней форме.
С такими взглядами патр.

 Никон, конечно, не мог вернуться на патриаршую кафедру. Сам себе отрезал дорогу к ней, подтверждая худшие клеветы на него пред царем со стороны его личных врагов. Царю оставалось решиться низложить окончательно такого опасного в государственном смысле иерарха.